Nel 1985, in seguito alla trasformazione della società in una holding e all’ingresso della Regione Lombardia nel capitale sociale delle Ferrovie Nord, viene creata Ferrovie Nord Milano Esercizio, la società operativa controllata per la gestione dell’attività ferroviaria.

Nel 1993 acquisisce la gestione della linea Brescia-Iseo-Edolo.

Nel 2004, in coerenza al principio della separazione tra rete e servizio ferroviario, vengono create due aziende distinte: Ferrovie Nord Milano Esercizio per la gestione della rete e Ferrovie Nord Milano Trasporti per il trasporto passeggeri. La riorganizzazione dell’assetto societario è proseguita nello stesso anno con la creazione di Ferrovie Nord Cargo (ora NORDCARGO), l’azienda per il trasporto merci.

Il 29 aprile 2006, con l’adozione di una nuova corporate identity per le società del Gruppo FNM, Ferrovie Nord Milano Esercizio cambia la propria ragione sociale in FERROVIENORD. Contestualmente, Ferrovie Nord Milano Trasporti diventa LeNORD.

Il 9 settembre 2007 viene attivato il quadruplicamento dei binari tra Cadorna e Bovisa, la tratta urbana della rete FERROVIENORD dove convergono le linee da e per Saronno, Como, Asso, Varese-Laveno, Novara e Malpensa.
Il quadruplicamento, la cui realizzazione ha richiesto nove anni di lavori, è stato uno degli interventi infrastrutturali più rilevanti per il trasporto pubblico locale in Lombardia.

A gennaio 2009 viene perfezionata la cessione del 49% del capitale sociale di NORDCARGO S.r.l a favore di DB Shenker Rail Italia S.r.l., società del Gruppo tedesco DB Shenker.

A gennaio 2010, con la cessione di un’ulteriore quota dell’11%, DB Schenker Rail Italia S.r.l. diventa socio di maggioranza di NORDCARGO S.r.l. Il Gruppo FNM continua a detenere una partecipazione pari al 40%.